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Zopeのデータは Data.fs というファイルにまとめられていて、これをバックアップすることで Zope の環境が（ほぼ）まるごと移行できるということを何かで読んだことがありました。また、この Data.fs はずんずん大きくなり、大きくなり過ぎるとパフォーマンスが落ちるということも。いくつか Zope 使いな人のサイトを見てみるとデータのバックアップとパック — takanory.netに行き当たりました。takanoriさんのスクリプトはローテートを含めてまじめにやってます。
実は僕はこれまで一度もパックをしたことがなかったので、定期的な運用はさておいてとりあえず手動でパックをしました。Zopeの管理画面で、 Control_Panel / Database / main とクリックしていくと、 Data.fs の情報が表示されます。左の画像ではもう小さくなっているのですが、パック前は3GBになっていました。パック後は多少はレスポンスがあがったかな。